Versione (ricorsiva) pre Java 8. Il seguente metodo prende in input un oggetto di tipo file (folder) che rappresenta la directory di cui si vuole leggere il contenuto e stampa su standard output il nome dei file contenuti in essa. Se la directory in input contiene sotto directory, questo metodo elenca in maniera ricorsiva anche i file presenti in queste ultime.

public void listFiles(final File folder) {
    for (final File fileEntry : folder.listFiles()) {
        if (fileEntry.isDirectory()) {
            listFiles(fileEntry);
        } else {
            System.out.println(fileEntry.getName());
        }
    }
}

final File folder = new File("/home/you/Desktop");
listFiles(folder);

Versione Java >= 8. Qui si utilizza la classe Files che è una classe di utilità che mette a disposizione vari metodi statici per operare sui file.

try (Stream<Path> paths = Files.walk(Paths.get("/home/you/Desktop"))) {
    paths.filter(Files::isRegularFile)
         .forEach(System.out::println);
}